El templo de Santa María contaba con un coro alto a sus pies que ocupaba las tres naves. La parte central se eliminó en 1854 para ubicar en este espacio la reja que cerraba la capilla mayor y la sillería del coro alto de la iglesia del convento franciscano de Ntra. Sra. de la Esperanza. Tras la desamortización había desaparecido parte del patrimonio del convento, y el temor a que ocurriera lo mismo con estas obras motivó su traslado.

Es una de las obras maestras de la rejería española, realizada en 1532 por Cristóbal de Andino: arquitecto, escultor, rejero y orfebre; al que se considera inventor del balaustre. Pintada y dorada por Martín Fonseca.

Es una reja renacentista que se asienta sobre un pedestal de piedra y consta de dos cuerpos, tres calles y coronamiento. Ricamente decorada, destaca en el centro del remate el escudo de los Enríquez, patronos del convento, que convirtieron en panteón familiar la capilla mayor.

La sillería barroca fue realizada por fray Esteban López y fray Jacinto Sierra en madera de nogal a principios del siglo XVIII. Se compone de dos órdenes de asientos, cuyos respaldos están decorados con bajorrelieves de personajes del Antiguo Testamento. Sobre los sitiales altos se sitúan una serie de lienzos con beatos y santos franciscanos pintados por Manuel Petti. Y cerrando el espacio que coincidiría con el óculo de la fachada, un cuadro de la Virgen de la Portería del siglo XVII, adaptado para tal fin.

En el centro del coro se ubica un facistol de cuatro atriles, rematado con un templete que cobija una imagen de la Inmaculada.